소아암의 정확한 원인은 아직 규명되지 않았다3. 환경적인 요인과 유전적인 요인이 복합적으로 작용하여 암을 일으키는 것으로 추정하고 있을 뿐이다.
성인암과 달리 소아암은 환경에 직적접인 영향을 받지 않는 조직에서 발생하는 경향이 높다. 암 발생에 영향을 미치는 환경적인 요인으로는 여러 가지 물리적 요인, 화학 물질 및 미생물 감염이 있다.
여기에 원자폭탄, 방사선 노출, 방사선 치료, 자외선 조사, 화학물질, 식이에 포함된 발암물질들이 거론되고 있으며, 그 밖에 바이러스 감염도 암 발생에 영향을 미치는 것으로 보고되고 있다.